Para realizar sua missão e atingir seus objetivos, a ABIO atua em três áreas:

1. Certificação – A ABIO certifica seus Associados Agricultores, Produtores e Extrativistas por meio do Sistema Participativo de Garantia (SPG-ABIO), que permite aos seus membros o uso do Selo do Sistema Brasileiro de Avaliação da Conformidade Orgânica.
2. Apoio à comercialização – A ABIO entende que o acesso aos alimentos de qualidade é um direito de todos. Por isso, tem como uma de suas prioridades criar meios para aproximar produtores e consumidores, incorporando nessa relação os princípios da economia solidária e do comércio justo, particularmente nas feiras orgânicas e nos mercados institucionais.
3. Participação no movimento orgânico – A ABIO participa de diversos fóruns, nos quais dá continuidade à luta que motivou a sua criação, em prol da agricultura familiar, da pequena produção e da disseminação da agroecologia e da agricultura orgânica.